Los Pokémon en este juego, son exactamente Muñecos Pokémon. A pesar de ser muñecos, disponen de tipos y se mantiene la lógica de debilidades establecida en los juegos originales. En cuando a la clasificación de los Pokémon, hay varias maneras
En el modo de dificultad Modo Normal, únicamente encontrarás Pokémon de Kanto (001−151) y en modo de dificultad Modo Avanzado y en Modo EX, también aparecerán Pokémon de Sinnoh (387−493). En total hay 257 Pokémon en el juego, de las regiones de Kanto y Sinnoh.
En Pokémon Rumble, los Pokémon son reclutados a tu equipo Pokémon. La clave del éxito en este juego está en reclutar un equipo Pokémon poderoso y variado, similar al de los juegos originales. Existen 4 formas de reclutamiento
Los Pokémon de Pokémon Rumble conocen sólo 2 movimientos. Estos movimientos van encuadrados dentro de una clasificación de fuerza. Por ello, si puedes encontrar dos Pokémon en los rangos S y A, es probable que no tengan los mismos dos movimientos, pues los Pokémon capturados en Rango S son más poderosos por norma general.
Para solventar esto, existe la posibilidad de enseñar movimientos a tus Pokémon, entrando a jugar una partida en un Rango superior al que jugabas cuando capturaste a un Pokémon, implica poder enseñar movimientos más poderosos.
Hay Pokémon que tienen habilidades. Estas habilidades no se corresponden con las de la saga principal de juegos, sino son diferentes y te ayudan en los combates entre muñecos. Normalmente los Pokémon obtenidos Contraseñas por tienen habilidades muy buenas, pero puedes realizar capturas con Pokémon que tengan estas habilidades, aunque son mucho más raros. Consulta la lista de habilidades.


En Pokémon Rumble, puedes encontrar de forma extraña con Pokémon variocolor. Estos pueden ser atrapados y se muestran en su color alternativo. Son muy raros.
